Conformément aux statuts de l'Association Jean Monnet (articles 13 à 15), le Conseil d’Administration, présidé par la Présidente de l'Association et composé de 15 membres au moins et de 30 au plus, gère par ses délibérations les affaires de l’Association.
Depuis l'année 2010, le Conseil d'Administration est composé d'un tiers de membres non français (signalés dans la liste ci-contre par un drapeau symbolisant leur nationalité).